Francisco de Borja y Aragón (1510-1572) nació en Gandía (Valencia), el 28 de octubre de 1510. Fue el hijo del duque de Gandía y bisnieto del Papa Alejandro VI, por parte de padre, y del rey Fernando el Católico, por parte de madre.Aunque de niño fue muy piadoso y deseó convertirse en monje, su familia lo mandó a la corte del emperador Carlos V. Allí destacaría, acompañando al emperador en sus campañas y casándose con una noble portuguesa, Eleanor de Castro Melo e Menezes, con la que tuvo ocho hijos: Carlos, Isabel, João, Álvaro, Fernando, Afonso, Joana y Doroteia.
En 1539, escoltó el cuerpo de la emperatriz Isabel de Portugal a su tumba en Granada. Se dice que, cuando vio el efecto de la muerte sobre la bella emperatriz, decidió “nunca más servir a un señor que se pueda morir”. Sin embargo, aún en su juventud, fue nombrado virrey de Cataluña, administrando la provincia con gran eficiencia.
Sus verdaderos intereses fueron otros, sin embargo. Cuando su padre murió, el nuevo Duque de Gandía se retiró a su tierra natal y llevaría, con su familia, una vida entregada puramente a la fe. Por esos tiempos entró en contacto con jesuitas: los Padres Fabro y Araoz. Así fue madurando su deseo de ayudar económicamente a la Orden fundada por Ignacio de Loyola, sobre todo después de hacer los Ejercicios Espirituales. Fue un gran bienhechor del Colegio Romano y fundó el Colegio Jesuita de Gandía, el primero en recibir alumnos seglares.
En 1546 su esposa Eleanor murió y Francisco decidió entrar en la Compañía de Jesús. Ajustó cuentas con sus asuntos mundanos, renunció a sus títulos en favor de su primogénito, Carlos, e inmediatamente se le ofreció el título de cardenal. Lo rechazó, prefiriendo la vida de predicador itinerante. En 1554 se convirtió en el comisario general de los jesuitas en España y, en 1565, a la muerte del Padre Laínez, en el tercer Padre General de toda la Orden.